Objet 21.4175 - Création d'une plateforme de surveillance génomique permanente

La pandémie de coronavirus témoigne de l'importance de déceler et de surveiller les mutations génomiques d'un agent pathogène. Le séquençage permet de détecter ces mutations de manière précoce, qu'il s'agisse de virus comme de bactéries. Il est alors possible de découvrir par exemple de nouvelles résistances ou réponses immunitaires. Une plateforme de surveillance du Sars-Cov-2 n'a été lancée qu'en mars 2021 ; elle devrait fermer en mars 2022. Entre mars 2020 et février 2021, c'est-à-dire à l'époque où le variant Alpha était dominant, la surveillance génomique était assurée dans le cadre de quelques rares projets de recherche en approche ascendante, qui reposaient sur une infrastructure informatique ad hoc.

La Suisse ne dispose à ce jour d'aucune surveillance systématique des modifications génomiques, mais seulement d'études isolées dans le meilleur des cas. Or les virus et bactéries sur lesquels nous n'avons que peu de connaissances sont nombreux. Nous ne sommes donc pas préparés, et surtout nous sommes tributaires d'un développement rapide et ciblé de vaccins. C'est pourquoi les efforts actuellement déployés en rapport avec le Sars-Cov-2 doivent converger vers une plateforme de surveillance génomique (Genomic Surveillance Platform) générale et permanente des virus et des bactéries. Une plateforme nationale " descendante " placerait la Suisse dans une situation favorable ; il faudrait qu'elle s'affranchisse du mode ad hoc et qu'elle dispose de structures durables, d'une gouvernance interdisciplinaire issue des milieux scientifiques et universitaires ainsi que d'un financement suffisant.

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